автор: karpoff
Cкрипт уведомления о новом личном письме на форуме
Он показывает не всплывающее окно, а просто div в котором также есть ссылка перехода к странице сообщений.
В нём нужно указать адрес форума (заменяем на свое) БЕЗ WWW вставляйте в ХТМЛ-низ.

Код:
<script type="text/javascript">
        forum = "http://karpoff.5bb.ru"

        str = document.getElementById("navpm").innerHTML
        loc = new String(document.location)

        if( (str.indexOf("(") != -1) && document.referrer.indexOf(forum)==-1 && loc.indexOf('messages.php')==-1)
        {
          count = parseInt(str.substring(str.indexOf("(")+1,str.indexOf(")")))

          if (count==1) text="У вас есть 1 новое сообщение"
          else if (count>1 && count<5) text="У вас есть " +count+" новых сообщения"
          else text="У вас есть " +count+" новых сообщений"

          msg =  "<div id=\"new-mes\" class=\"container\" style=\"position: absolute; z-index=2; left: 40%;\">"
          msg += text
          msg += "<br><a href=\"\" onclick=\"document.location.replace('messages.php'); document.getElementById('new-mes').style.display='none';return false;\">Посмотреть личные сообщения</a>"
          msg +="<br><a href=\"\" onclick=\"document.getElementById('new-mes').style.display='none'; return false\">Закрыть окно</a>\r\n"
          msg += "</div>"

          document.getElementById("pun-status").innerHTML += msg
        }
        </script>

http://karpoff.5bb.ru меняем на свое